İş sözleşmesinde yazan cezalar her zaman geçerli değildir. Türk iş hukuku, işçinin haklarını koruyan hükümler içermekte ve işverenin keyfi ceza uygulamalarını sınırlamaktadır. Ceza hükmü, iş sözleşmesinde yer alsa bile, kanuna veya kamu düzenine aykırı ise geçersiz sayılır.
İş Kanunu’na göre işveren, işçinin kusuruna bağlı olarak disiplin cezaları verebilir ancak bu cezaların iş kanununun belirlediği sınırlar içerisinde olması gerekir. İşveren, örneğin devamsızlık, işin aksaması gibi durumlarda uyarı veya kınama gibi disiplin cezaları uygulayabilir. Ancak bu cezalar maddi ya da manevi tazminat biçiminde önceden sözleşmeye eklenmiş para cezaları gibi doğrudan para kaybına yol açan yaptırımlar içeriyorsa, bunların geçerliliği tartışmalıdır.
Örnek olarak, bir iş sözleşmesinde işçinin geç kalması halinde belirli bir para cezası kesileceği yazmışsa, bu hüküm Çalışma Bakanlığı ve mahkemelerce haksız ceza olarak değerlendirilebilir. Disiplin cezaları işverenin takdirinde olsa da, işveren işçinin ücretinden kesinti yapamaz; ücret kesintisi ancak yasal prosedür ve dava sonucu mümkün olur.
İş sözleşmesinde yer alan cezalar, işverenin işçinin haklarına tek taraflı müdahalesi olarak kabul edilirse geçersiz görülür ve işçi bu durumu kanıtlayarak itiraz edebilir. İşçi, haksız bir ceza ile karşılaşırsa iş mahkemesine başvurarak hakkını arayabilir ve kıdem tazminatı hakkı gibi diğer haklarını da koruyabilir.